Im Frühjahr 1730 vergab Fürst Georg Albrecht von Ostfriesland die ersten Grundstücke an die Neusiedler rings um den heutigen Museumshafen. Das war die Geburtsstunde von Carolinensiel. Namensgeberin des neuen Hafenortes war die Gemahlin des Fürsten, Sophie Caroline von Ostfriesland. Carolinensiel entwickelte sich nach Emden zum zweitgrößten Hafen in Ostfriesland. Von hier aus fuhren die Frachtensegler in die Nord- und Ostsee, ins Mittelmeer und sogar über den Atlantik.

1765 kam der zweite Hafen an der Friedrichsschleuse hinzu. Hier lagen die Fischkutter vor Anker, mit denen die Einwohner nach dem Niedergang der Segelschifffahrt seit den 1880er Jahren ihr Brot verdienten. 1953 bis 1956 wurden das Schöpfwerk und der neue Außenhafen in Harlesiel gebaut. Hier legen die Fähren nach Wangerooge ab. Am Strand, auf dem Campingplatz und im Haus des Gastes verbringen die Gäste des Nordseebades Carolinensiel-Harlesiel ihren Urlaub.